影響貯存中茉莉花茶品質變化的因素，主要為溫度含水量、氧氣和光線，在一般情況下影響最大的是茶葉含水量。其次為溫度和氧氣，而光線則比較容易控制。一般茶葉成品出廠水分含量，最好能保持在5%以下，則品質變化較慢。茉莉花茶成品茶出廠水分含量多接近8%。因而對濕度更加敏感，而周圍環境的相對而言濕度直接影響茶葉的吸濕速度。所以散裝茉莉花茶最好貯存在低溫干燥的倉庫中。比較理想的條件是溫度在5度以下，相對溫度為50%左右。但在具體實施中還必須結合經濟效果來考慮而采取略高的溫度。
氧氣能促進花茶變質。因此無論大小包裝均要裝緊裝實，盡量減少容器中的空隙以減少茶葉與氧氣的接觸。為了達到更好地保護成品品質的目的，在條件許可的情況下，應考慮采取抽氣充氮密封包裝。
散裝茶在貯存中還須注意對裝箱不滿一箱的堆尾茶的及時處理。因為堆尾茶箱內空隙大，氧氣多，對茶湯我色澤和滋味影響極大。而且容易引起茶葉中脂質的過氧化而變陳甚至變質。
茉莉花茶在零售門市的貯存因包裝物有時已經拆開而必須更好重視。一般不要隨便開箱。如有必要，也應隨開隨封，以防香氣逸失和茶葉回潮。